Ekolojik ve ekonomik parametrelerin uyum içerisinde seyrettiği yaşanılabilir bir çevre olgusunu egemen kılma, AEÇESAUM’un temel ve zorunlu misyonudur. Yöre halkını, ticari faaliyet yapan kuruluşları ve üniversite öğrenci-akademisyen ekseninde yer alan bilim insanlarını çevre bilinci ortak paydasında toplamak birimin başlıca misyonudur. Çevre sorunları ile ilgili çeşitli alanlarda, bilimsel ve uygulamaya yönelik araştırmalar; teknoloji transferi, yurt içi ve yurt dışı odaklı proje sunumu ve teknik danışmanlık faaliyetleri ile devam ettirilecektir.